Os índios Tupinambás foram os primeiros habitantes da região de Ubatuba.Eram excelentes canoeiros e viviam em paz com os índios do planalto, até a chegada dos portugueses e franceses, que tentaram escravizar os índios, com o intuito de colonização.

Os Tupinambás e Tupiniquins organizaram-se, formando a "Confederação dos Tamoios" e passaram a enfrentar os portugueses (Tamoios é uma palavra da língua Tupi, que significa "o mais antigo, o dono da terra", portanto a Confederação era a união dos índios, verdadeiros donos da terra).Os padres José de Anchieta e Manoel da Nóbrega chegaram a região com a missão de pacificá-los.Na ocasião, Anchieta tornou-se prisioneiro dos índios, permanecendo aqui por quatro meses, enquanto Nóbrega voltava a São Vicente para finalizar o tratado de paz, que seria firmado em 14 de setembro de 1563, denominado "Paz de Iperoig".Foi nessa época que Anchieta escreveu o poema "Poema de Virgem" na praia de Iperoig, constituído de 5.732 versos.

Com a paz firmada, o Governador Geral do Rio de Janeiro, Salvador Corrêa de Sá e Benevides, tomou providências para colonizar a região, enviando os primeiros moradores para garantir a posse da Terra para a Coroa Portuguesa.

O povoado conseguiu sua emancipação político-administrativa e foi elevado à categoria de Vila em 28 de outubro de 1637, com o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, tendo como fundador Jordão Albernaz Homem Homem da Costa.
Os povoadores se instalaram ao longo da costa, utilizando o mar como meio de transporte.Todavia, com o surgimento da economia do ouro, a região do Litoral Norte se transforma em produtora de aguardente e açucar para abastecimento das áreas de Minas Gerais, que experimentava um novo surto do progresso.
A Vila de Ubatuba deixa de ter apenas a agricultura de subsistência, passando a uma agricultura comercial, que incluía, além da aguardente e açucar, fumo, anil e produção de peixe salgado.

Em 1787, o presidente da Província de São Paulo, Bernardo José de Lorena, decretou que todas as embarcações do litoral seriam obrigadas a se dirigir ao porto de Santos, onde os preços obtidos pelas mercadorias eram mais baixos.A partir dessa pressão do governo, Ubatuba entra em franca decadência e muitos produtores abandonaram os canaviais.Os que ficaram passaram a cultivar apenas o necessário para a subsistência.

A situação só melhorou a partir de 1808 com a abertura dos portos, quando da transferência da Família Real Portuguesa para o Brasil, fugindo das tropas napoleônicas, decretando a "Abertura dos Portos às Nações Amigas", em 28 de janeiro daquele ano.A medida beneficiou diretamente a então Vila de Ubatuba.
O comércio ganha impulso inicialmente com o cultivo do café no próprio município, enviando para o Rio de Janeiro.

Todavia, o café se expande para todo o Vale do Paraíba e Ubatuba passa a ser o grande porto exportador, privilegiado mais ainda pela estrada Ubatuba - Taubaté, calçadas com pedras para sustentar o intenso tráfego de burros carregados de mercadorias.

A Vila só passa a categoria de cidade em 1855.Novas ruas são abertas, o urbanismo, no sentido moderno, alcança o município.São criados o cemitério, novas igrejas, um teatro, chafariz com água encanada, mercado municipal e novas construções para abrigar a elite no local, dentre as quais o sobrado de Manoel Baltazar da Cunha Fortes, hoje sede da FUNDART.

Inúmeras fazendas se instalaram ao longo da costa , a maioria hoje lembrada apenas pela presença de ruínas, ou pelo nome dado às praias como Lagoinha, Maranduba, Ubatumirim e Picinguaba.
A construção da ferrovia Santos - Jundiaí, aliada a decadência do Vale do Paraíba, que perdeu mercado para a maior produtividade da lavoura de café do Oeste Paulista ( região de Campinas), determinaram o isolamento econômico da região Norte e, em consequência, de Ubatuba.

Uma tentativa de construir uma ferrovia entre Taubaté e Ubatuba foi vista com muita esoerança, sendo importados trilhos da Inglaterra.Porém durante o governo do Presidente Floriano Peixoto, foi suspensa a garantia de juros sobre o valor do material importado, provocando a falência do Banco Popular de Taubaté e, consequência, da companhia construtora.

A estrada Ubatuba Taubaté praticamente desapareceu e o tráfego marítimo foi reduzido à escala de apenas um navio a cada dez dias na linha Santos - Rio de Janeiro.Depois de um longo período, após a revolução Constitucionalista de 1932, com o objetivo de integrar a região cujo isolamento ficou patente no conflito, o Governo Estadual promoveu melhorias na rodovia Taubaté-Ubatuba, passando a cidade a contar com uma ligação permanente com o Vale do Paraíba. Aos poucos, a cidade começa a desenvolver a sua vocação turística, recebendo um impulso decisivo nesse setor, em 1972, com a construção da rodovia BR-101, (Rio Santos).

Origem do Nome:

Existem diversas versões de Traduções do nome da cidade.
Uma delas:
Ubatuba é uma palavra da origem indígena Tupi - Guarani, composta pelos vocábulos ubá tuba
Ubá - espécie de cana silvestre
Tuba -  muitas(tuba sempre relacionado a plantação)
Ou seja, uma expressão para designar um local onde havia um canavial.

Bandeira de Ubatuba

Brasão de Ubatuba