No final do Século XIX, os vereadores na Câmara Municipal além de legislarem (hoje sua maio atribuição), executavam as leis e administravam Ubatuba, vila elevada a município em 1855. Com o surgimento da República, em 1889, foram criadas as prefeituras que assumiram o Poder Executivo e passaram a administrar os municípios. O 1º prefeito de Ubatuba foi o chefe político na época, Ernesto Gomes de Oliveira, entre 1908 e 1910 (pai do farmacêutico, ex-prefeito e escritor Washinton de Oliveira - Filhinho da Farmácia, que faleceu em janeiro de 2001). Ele e seus sucessores compartilharam com os vereadores o mesmo prédio: o casarão do Dr. José Paulo da Rosa e Bonsucesso Galhardo, na Avenida Iperoig ( sede da Câmara desde 1864 e tombado pelo CONDEPHAAT), até a construção em 1964 do primeiro edifício-sede do Paço Municipal na Praça 13 de Maio (atual Biblioteca Pública). Um marco do "milagre econômico", parte da estrutura necessária ao desenvolvimento de Ubatuba como cidade turística dada por Francisco Matarazzo Sobrinho - Ciccillo Matarazzo (industrial de São Paulo e mecenas das artes) durante a sua gestão como prefeito entre 1964 e 1969.

O Paço Matarazzo, com linha simples e elementos vazados (cerâmicas vazadas responsáveis pelo equilíbrio da temperatura interna), foi projetado pelo arquiteto Oswaldo Artur Bratke: amigo e acessor para projetos de obras públicas do prefeito, um dos edificadores de Brasília e um dos precursores da Moderna Arquitetura Brasileira que deixou sua marca em Ubatuba juntamente com o arquiteto Rino Levi.

A Prefeitura ocupou o prédio na Praça 13 de Maio até 1982, ano em que o prefeito Benedito Rodrigues Pereira Filho (gestão 1981 - 1984) desativou e converteu em nova sede da Prefeitura o Centro Educacional de 1º Grau, Antiga ALA - Assistência ao Litoral de Anchieta.
A ALA, situada à Rua Gastão Madeira, foi desapropriada através dos Decretos Municipais 065/71 de 29/08/1971 e 14/12/1981. Atualmente, esta 3º e Antiga Prefeitura abriga apenas algumas secretarias. As demais e o Gabinete do Prefeito ocupam um espaço edifício na Avenida Dona Maria Alves desde a 2 Prefeitura de José Nélio de Carvalho(1989 - 1992).

Quanto a Prefeitura da "Era Matarazzo", nova etapa na História Política e Administrativa do Município, esta passou a ser sede da Biblioteca Pública "ateneu Ubatubense".